Ngay cả khi bạn thường xuyên xóa file không cần thiết và quản lý tốt các file trên ổ cứng,ửlýđĩacứngchạychậti so ma cao bạn vẫn sẽ thấy truy cập ổ cứng cứ chậm dần theo thời gian. Một trong những lý do chính là hệ thống file. Với Windows XP, Microsoft khuyến khích người dùng chuyển từ hệ thống file FAT32 sang NTFS.

FAT32 là hệ thống file cơ bản, khiến ổ cứng dễ bị phân mảnh, do đó cần chống phân mảnh thường xuyên. Lý do khiến ổ cứng FAT32 bị phân mảnh là khi dữ liệu mới được ghi trong đĩa, nó được đặt ở bất kỳ đâu có khoảng trống đủ lớn để chứa được nó. Điều này khiến các file nhanh chóng nằm rải rác khắp ổ cứng, khiến máy tính phải mất thời gian truy lục và sắp xếp dữ liệu mỗi mở mở hay lưu file. Điều đó làm chậm đáng kể tốc độ với những ổ cứng lớn. Chống phân mảnh thường xuyên sẽ đưa các file dữ liệu gọn gàng trong ổ cứng, làm tăng tốc độ truy lục dữ liệu.

NTFS là hệ thống tệp tin công nghệ mới (new technology file system) sắp xếp các file gọn gàng hơn trong bảng quản lý file (MFT - Master File Table), nên việc truy lục dữ liệu nhanh hơn so với FAT32. Một trong những thay đổi lớn giữa NTFS và FAT32 là với NTFS, file được lưu với một số thuộc tính, có mức độ bảo mật cao hơn. Với NTFS, các file dữ liệu có khả năng phục hồi cao hơn trong trường hợp ổ đĩa gặp sự cố.

Hệ thống NTFS cũng tính toán dành khoảng trống quanh các file để phục vụ cho việc mở rộng. Tuy nhiên, nếu file không tăng, khoảng trống đó không được dùng tới. Nếu file tăng quá nhiều, dữ liệu phải ghi trên khoảng trống mới trên ổ cứng. Do đó, NTFS có thể hiệu quả hơn FAT32 trong việc truy lục dữ liệu nhưng vẫn bị phân mảnh. Điều này nghĩa là ổ cứng dùng hệ thống file NTFS vẫn cần được chống phân mảnh thường xuyên.

Windows có tiện tích chống phân mảnh (Disk Defragmenter), còn gọi là dồn ổ có thể giúp sắp xếp gọn gàng các file dữ liệu, giúp đẩy nhanh tốc độ truy lục của ổ cứng. Có thể chạy tiện ích này bằng cách vào Start, Programs, Accessories. Trong System Tools, chọn Disk Defragmenter. Khi chương trình khởi động, chọn ổ cứng bạn muốn dồn và kích vào nút Analyze.