Cụ thể, theo Kế hoạch số 04-KH/BCĐ ngày 13/11 của Ban Chỉ đạo Trung ương, đối với 2 Viện Hàn lâm: 

Phương án 1: hợp nhất Viện Hàn lâm Khoa học xã hội với Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ thành Viện Hàn lâm Khoa học Việt Nam.

Phương án 2: duy trì 2 Viện Hàn lâm nhưng thực hiện sắp xếp, tinh gọn tổ chức bộ máy và biên chế, bảo đảm nâng cao chất lượng và hiệu quả hoạt động, đáp ứng yêu cầu của Chiến lược phát triển khoa học và công nghệ Việt Nam.

Đối với 2 Đại học Quốc gia, đề xuất chuyển Đại học Quốc gia Hà Nội và Đại học Quốc gia Thành phố Hồ Chí Minh về Bộ Giáo dục và Đào tạo để quản lý.

Theo quy định, các đại học vùng hoặc các học viện, trường đại học đều do Bộ GD&ĐT hoặc Bộ, ngành quản lý bổ nhiệm các chức vụ quản lý.

Trong khi đó, hai đại học quốc gia đang hoạt động theo cơ chế tự chủ, được làm việc trực tiếp với các Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương về những vấn đề liên quan đến hoạt động và phát triển của đại học.

Hai đại học quốc gia đang hoạt động theo cơ chế đặc thù, được Chính phủ giao các chỉ tiêu, kế hoạch. Các Giám đốc, các Phó Giám đốc và Chủ tịch Hội đồng Đại học do Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm, miễn nhiệm.

Theo cơ cấu, ĐH Quốc gia Hà Nội hiện có 9 trường đại học thành viên, 3 trường và 1 khoa trực thuộc. Cùng với đó là 6 viện nghiên cứu, trung tâm, 15 đơn vị phục vụ, dịch vụ, 8 đơn vị khác.

Các trường thành viên thuộc ĐH Quốc gia Hà Nội gồm: Trường ĐH Khoa học Tự nhiên (VNU-HUS); ĐH Khoa học Xã hội và Nhân văn (VNU-USSH); Trường ĐH Ngoại ngữ (VNU-ULIS); Trường ĐH Công nghệ (VNU-UET); Trường ĐH Kinh tế (VNU-UEB); Trường ĐH Giáo dục (VNU-UED); Trường ĐH Việt Nhật (VNU-VJU); Trường ĐH Y dược (VNU-UMP); Trường ĐH Luật (VNU-UL).

Các khoa và trung tâm đào tạo trực thuộc ĐH Quốc gia Hà Nội gồm: Trường Quốc tế; Trường Quản trị Kinh doanh; Trường Khoa học Liên ngành và Nghệ thuật; Khoa Quốc tế Pháp ngữ; Trung tâm giáo dục Thể chất và thể thao; Trung tâm Giáo dục Quốc phòng và An ninh.

Có 6 viện nghiên cứu khoa học thành viên và trực thuộc gồm: Viện Công nghệ Thông tin; Viện Vi sinh vật và Công nghệ Sinh học; Viện Việt Nam học và Khoa học Phát triển; Viện Tài nguyên và Môi trường; Viện Trần Nhân Tông.

Đại học Quốc gia TPHCM hiện có 10 cơ sở đào tạo gồm 8 trường đại học thành viên (Bách khoa, Khoa học Tự nhiên, Khoa học Xã hội và Nhân văn, ĐH Công nghệ Thông tin, ĐH Quốc tế, ĐH Kinh tế - Luật, ĐH An Giang và Trường ĐH Khoa học Sức khỏe), Viện Môi trường và Tài nguyên, Phân hiệu ĐHQG TPHCM tại tỉnh Bến Tre.